Ο Κοι.Σ.Π.Ε. αποτελεί ένα πολύπλοκο σύστημα οργανισμού, στο οποίο συνυπάρχουν η επιχειρηματική λογική και η θεραπευτική οπτική. Η υπερίσχυση της μίας πλευράς έναντι της άλλης, μπορεί να αποβεί ζημιογόνα για την επιβίωση του συνεταιρισμού ή για το συμφέρον των συνεταιριστών-εργαζομένων. Συνεπώς στόχος είναι η εξασφάλιση της ισορροπίας ανάμεσα στις ανάγκες και απαιτήσεις των δύο πλευρών, όπως αναφέρεται και βιβλιογραφικά ότι: «είναι απαραίτητη η συνάρθρωση του επιχειρηματικού και του θεραπευτικού, για τη δημιουργία της ιδιότητας του «εργαζόμενου» στο λήπτη υπηρεσιών ψυχικής υγείας».
Βασική πρόκληση για τη λειτουργία των διαδικασιών ψυχοκοινωνικής υποστήριξης αποτελεί το να δημιουργηθεί ένα πλαίσιο που να εξυπηρετεί τόσο τους στόχους της επιχειρηματικής λογικής, όσο και της θεραπευτικής οπτικής, καθώς οι δύο άξονες χαρακτηρίζονται από διαφορετικές ταχύτητες και ανάγκες.
Ο βασικός στρατηγικός στόχος του Κοι.Σ.Π.Ε. είναι επιχειρηματικός αλλά παράλληλα αποκαταστασιακός και θεραπευτικός.
Ειδικότερα οι στρατηγικοί στόχοι συνοψίζονται παρακάτω:
Η λειτουργία του συνεταιρισμού μπορεί να δώσει μια ουσιαστική απάντηση-λύση στο πρόβλημα της κοινωνικής επανένταξης και της ουσιαστικής αποκατάστασης των ψυχικά ασθενών, αποτελώντας μια ολοκληρωμένη δομή παραγωγής έργου η οποία ανταποκρίνεται στους κανόνες κοινωνικής ζήτησης και προσφοράς με ίσους όρους και με ικανοποιητική αποτελεσματικότητα. Το τελικό κέρδος εκτός από υλικό αποβαίνει κυρίως ηθικό και θεραπευτικό, μετατρέποντας τους ασθενείς σε ενεργά μέλη της παραγωγικής διαδικασίας συνεισφέροντας στην περαιτέρω κοινωνικοποίηση τους, ενώ παράλληλα υπάρχει η δυνατότητα της επέκτασης των επιχειρηματικών δράσεων σε περισσότερες δουλειές στην κοινότητα για την αποφυγή των υποτροπών.