Η λειτουργία του Συνεταιρισμού είναι δομημένη σε πρότυπα οργανωμένης εμπορικής επιχείρησης. Λειτουργεί υπό τις αποφάσεις των συνεδριάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου και έχει ορισμένες τις αρμοδιότητες για τις λειτουργικές και καθημερινές αρμοδιότητες. Έτσι εξασφαλίζει την ομαλή λειτουργία, τις άριστες υπηρεσίες και την υψηλή ανταγωνιστικότητα.
Κυρίαρχο σώμα για την λήψη ιδιαίτερα σημαντικών αποφάσεων και την χάραξη των κατευθύνσεων του ΚοιΣΠΕ είναι η Γενική Συνέλευση των μελών του.
Στην Γενική Συνέλευση έχουν δικαίωμα συμμετοχής όλα τα μέλη του Συνεταιρισμού χωρίς κανένα αποκλεισμό.
Τα Μέλη του ΚοιΣΠΕ, ανεξάρτητα από την κατηγορία στην οποία ανήκουν, μετέχουν και ψηφίζουν αυτοπροσώπως ή με ατομική εξουσιοδότηση μόνο για μια και συγκεκριμένη συνέλευση ή για όποια την αναπληρώσει σε περίπτωση αναβολής.
Αποτελείται από τρία (3) μέλη που εκλέγονται από τη Γενική Συνέλευση. Κανένα μέλος του Ε.Σ. δεν δύναται να είναι και μέλος του Δ.Σ.. Κανένα μέλος του επίσης δεν προέρχεται από την πρώτη κατηγορία μελών, όπως αυτή προσδιορίζεται στην παραγρ. 4α του άρθρου 12 του 2716/1999. Αρμοδιότητα του Ε.Σ. είναι κυρίως να ελέγχει τις πράξεις του Δ.Σ. καθώς και την τήρηση των αποφάσεων της Γενικής Συνέλευσης από το Διοικητικό Συμβούλιο. Το Ε.Σ. έχει δικαίωμα και υποχρέωση να λαμβάνει γνώση οποιουδήποτε βιβλίου, εγγράφου ή στοιχείων του Κοι.Σ.Π.Ε., να διενεργεί λογιστικό και διαχειριστικό έλεγχο και να παρακολουθεί την πορεία του Κοι.Σ.Π.Ε.
Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από επτά (7) τακτικά μέλη εκ των οποίων πέντε (5) μέλη προέρχονται από τη δεύτερη και τρίτη κατηγορία μελών και δύο (2) από την πρώτη κατηγορία μελών.
Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει τακτικά μία φορά το μήνα. Επίσης συνεδριάζει έκτακτα αν το ζητήσει ο Πρόεδρος ή τρία από τα μέλη του Δ.Σ.. Βρίσκεται σε απαρτία και συνεδριάζει έγκυρα όταν παρίστανται πέντε τουλάχιστον μέλη.
Το Διοικητικό Συμβούλιο του Κοι.Σ.Π.Ε. αποφασίζει για όλα τα θέματα που αφορούν τον Κοι.Σ.Π.Ε. σύμφωνα με το ισχύον νομικό πλαίσιο και εκπροσωπεί νόμιμα αυτόν σε κάθε είδους σχέσης του.