Ο Κοι.Σ.Π.Ε. διοικείται από τη Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) η οποία αποτελεί το ανώτερο όργανο διοίκησης, το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.), το Εποπτικό Συμβούλιο (Ε.Σ) και δύναται να αποκτήσει και Διευθύνοντα Σύμβουλο.
Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από επτά (7) μέλη, εκ των οποίων υποχρεωτικά δύο (2) ανήκουν στην κατηγορία Α’.
Η διοίκηση ασκείται από το Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο διαμορφώθηκε, μετά τις εκλογές της Γενικής Συνέλευσης, ως εξής: